페리에서의 긴 여행이 끝나고 드디어 夕闇島(유우야미섬)에 도착한 コナン(코난)일행. 그 뒤에는 같은 페리를 타고 온 はじめ(하지메)가 있었다. 바로 자신에게 편지를 보낸 鳥羽美佐(토바 미사)를 만나러 가자는 はじめ(하지메)에게 美雪(미유키)는 어느 물건을 건내주었다. 그것은“Detective Boys(탐정 보이즈)”라고 적힌 작은 배지였다. 美雪(미유키)는 페리 위에서 그 배지를 주웠다고 한다. 「음, 특이한 장난감인 걸..」 はじめ(하지메)는 별 생각없이 그 배지를 맡기로 했다. 그것이 소년 탐정단의“探偵バッジ＜탐정 배지＞”라는 것을 모른채..鳥羽美佐(토바 미사)의 집으로 향하게 된다. 그리고 거기서 はじめ(하지메)는 놀라운 사실을 알게 된다. 최근 夕闇島(유우야미섬)에서는“행방불명”이 일어나고 있다는 소문이 있는데 바로 鳥羽美佐(토바 미사)가 행방불명이 되었다는 것이다！ 행방불명이 돈 鳥羽美佐(토바 미사)를 구하기 위해서 はじめ(하지메)는 바로 조사를 시작했다. 그리고 그날 밤..사태는 급전개하고 はじめ(하지메)가 생각지도 못한 방향으로 향하게 된다.
심야, はじめ(하지메)와 剣持(켄모치)는 어느 시설에 침입하게 된다. 낮에 조사했을 때 수상하다고 느껴서 철저하게 조사하기로 한 것이다. 하지마 조사를 시작한 순간..갑자기 はじめ(하지메)는 의식을 잃고 쓰러지고 만다. 「뭐야..이거..」 역시 はじめ(하지메)라고 해도 자신이 소문의“행방불명”의 대상이 될 줄은 몰랐던 것이다.
이렇게 はじめ(하지메)는 夕闇島(유우야미섬)에서 모습을 감추게 된다..다음날 아침이 되어도 돌아오지 않는 はじめ(하지메)와 剣持(켄모치)를 찾아서 七瀬美雪(나나세 미유키)는 섬 안을 돌아다니게 된다. 그 때 마주치게 된 사람이 コナン(코난)이었다. 당황하며 서두르는 모습의 美雪(미유키)에게 사정을 들은 コナン(코난) 「행방불명..？사람이 사라졌다..？」 그“행방불명”이라고 부르는 현상이야말로 コナン(코난)이 조사하고 있던“수수께끼의 현상”으로 보였다. 이렇게 같은 행방불명 현상을 조사하던 コナン(코난)과 美雪(미유키)는 협력해서 はじめ(하지메)를 찾기로 하지만 그 끝에는 무서운 사건이 기다리고 있었었다.
제2장 もう一つの夕闇島(또 하나의 유우야미섬)
＜선택지＞ ・潜入した場所は(침입한 장소는)？ →『郷土資料館(향토 자료관)』
＜이동＆조사＞ → 民宿(민박) → 灯台(등대)
ゆうやみ小路(유우야미 번화가)
＜대화＞？？？ →「名前を聞く(이름을 물어본다)」 →「新入りとは(신입이란)？」 →「この島について(이 섬에 대해서)」
■저장 포인트■
＜대화＞福原和雄(후쿠하라 카즈오) →「この島について(이 섬에 대해서)」
＜조사＞ → 작은 건물＜2번 조사＞
倉庫(창고)＜조사＞ → 왼쪽에 있는 선반에 있는 열쇠 꾸러미 → 오른쪽 벽에 붙어있는 종이
▶행동 선택 ＜一之瀬邸に入ろうか…？それともやめておくか…？＞ 이치노세의 저택에 들어갈까? 아니면 그만둘까..?
→『入る(들어간다)』
＜조사＞ → 오른쪽 밑에 있는 장난감 상자 → 왼쪽 안에 있는 책상 → 오른쪽 안에 있는 서랍장
夕闇島図書館(유우야미섬의 도서관)・裏庭(뒷정원)＜조사＞ → 중앙에 있는 소각로 → 왼쪽 밑에 있는 수풀
▶행동 선택 ＜どうする？顔を出して様子をみてみるか？＞ 어떻게 할까? 얼굴을 내밀고 상황을 지켜볼까? →『顔を出す(얼굴을 내민다)』or『顔を出さない(숨어있는다)』
＜조사＞ → 중앙에 있는 소각로
民宿(민박)＜대화＞剣持勇(켄모치 이사무) →「鳥羽美佐について(토바 미사에 대해서)」 →「通信相手からの情報(통신 상대에 대한 정보)」
【探偵バッジ(탐정 배지)】 →「鳥羽美佐について(토바 미사에 대해서)」 →「鳥羽美鶴について(토바 미츠루에 대해서)」 →「美佐の事件の進展(미사 사건의 진전)」 →「図書館での殺人事件(도서관에서 살인 사건)」 →「25年前の惨劇とは(25년 전의 비극이란)？」
＜선택지＞ ・娘の名前は(딸의 이름은)？ →『恵子(케이코)』
【探偵バッジ(탐정 배지)】 →「はじめのいる島について」
하지메가 있는 섬에 대해서
※여기서「美雪の様子を聞く(미유키의 상태를 물어본다)」도 선택할 수 있다. 이것을 선택하면 키워드「通信相手からの助言(통신 상태의 조언)」을 입수한다. 마지막에「はじめのいる島について(하지메가 있는 섬에 대해서)」을 선택하면 스토리가 진행되므로 그 전에「美雪の様子を聞く(미유키의 상태를 물어본다)」를 물어하자.
【키워드 선택】 『夕闇島を25年前の呪いから解放して』の言葉を何で見た？ 『유우야미섬을 25년 전 저주에서 해방시켜줘』라는 말을 어쩌다 본 거지?
→『謎のメッセージ(수수께끼의 메세지)』
■저장 포인트■
夕闇島図書館(유우야미섬의 도서관)
＜대화＞剣持勇(켄모치 이사무) →「今日の調査について(오늘의 조사에 대해서)」
＜대화＞ → 日沖竜平(히오키 류우헤이)
図書館(도서관)
【순서 무관】 ＜대화＞ → 図書館女性職員(도서관 여성 직원) → 図書館男性職員(도서관 남성 직원) → 図書館受付(도서관 접수원)
＜조사＞ → 카운터 위에 있는 전화기
図書館(도서관)・2階 書庫(2층 서고)
＜조사＞ → 안쪽 벽에 있는 전화기
図書館(도서관)・裏庭(뒷정원)
＜조사＞ → 중앙에 있는 소각로
図書館(도서관)・1階 事務室(1층 사무실)
＜조사＞ → 오른쪽에 있는 전화기 → 남성의 사체 → 사체의 발 밑에 있는 권총 → 책상 위에 있는 선풍기 → 벽의 탄흔
