푸른 바다를 헤치고 섬으로 향하는 페리. 그 배 위에서 コナン(코난)과 함께 소년 탐정단, 蘭(란), 小五郎(코고로), 阿笠博士(아가사 박사님)이 함께 오랜만에 선박 여행을 만끽하고 있었다. 「만사태평하군..관광 여행이라고 생각하고 있는 거 아니야？」 그렇다. 이 선박 여행은 그저 관광 여행이 아니었다. 어느 섬에서 일어난“수수께끼의 현상..그 현상을 조사하기 위해서 이 페리에 타고 있던 것이다. “남쪽 나라의 낙원”夕闇島(유우야미섬)으로..하지만 コナン(코난)외의 사람들은 원래의 목적을 잊어버린 듯이 즐기고 있었다.
「정말..못말린다니까..」 コナン(코난)은 일행과 떨어져서 페리 안을 돌아다니기로 했다. 그 다음 순간..우연히 마주치게 된 남성과 눈이 마주친 순간 コナン(코난)은 불길한 예감에 사로잡혔다.
「뭐지？조금 전 남자..잠깐 눈이 마주친 그 순간에 나를 관찰한 것 같아. 사소한 일도 꿰뚫어보는 듯한 관찰력..마치 탐정같다고 할까..？」 그것이 コナン(코난)과 그 남성의 만남이었다. 두 사람은 페리 위에서 마주친 운명적인 만남이었다. 그리고 그 남자가 바로 名探偵金田一耕助(긴다이치 코우스케)의 손자 金田一はじめ(긴다이치 하지메)였다.
はじめ(하지메)도 또 다른 목적으로 夕闇島(유우야미섬)으로 향하고 있었다. 수일 전에 도착한 중학교 동창생이 보낸 수수께끼의 편지..
「나의 고향 夕闇島(유우야미섬)에서 무서운 사건이 일어나려고 합니다. 그 무서운 사건에서 이 섬을 구해주세요..」 はじめ(하지메)는 편지를 보낸 친구를 구하기 위해서 七瀬美雪(나나세 미유키)와 剣持警部(켄모치 경위)와 함께 夕闇島(유우야미섬)으로 향하게 되었다.
이렇게 각각의 목적을 가지고 같은 섬으로 향하게 된 2명의 명탐정. 하지만 그 夕闇島(유우야미섬)에서는 과거와 현재를 연결하는 장대한 수수께끼가 두 사람을 기다리고 있었다. 그렇게 江戸川コナン(에도가와 코난)과 金田一はじめ(긴다이치 하지메)라는 2명의 명탐정이 마주치게 되었고 그 사건은 이미 코앞까지 닥쳐와있었다.
▶스케이트 보드：터보 엔진이 달린 스케이트 보드 ※「スケボー追跡(스케이트 보드)」의 미니 게임이 시작된다. 제한 시간 내에 클리어하면 증거「ターボエンジンつきスケボー(터보 엔진이 달린 스케이트 보드)」를 입수한다. 클리어하지 못해도 스토리는 진행할 수 있지만 키워드를 모두 모으고 싶다면 클리어하도록 하자.
＜대화＞ → ？？？
＜대화＞山本正則(야마모토 마사노리) →「鳥羽美佐殺害事件について(토바 미사 살해 사건에 대해서)」 ※증언 조사：2페이지『バイクで走ってたんだ(오토바이를 타고 있었어)』 →「腕時計の事(손목 시계에 대해서)」
